इस विभाग का उद्देश्य नालंदा के बौद्ध विद्वानों द्वारा प्रतिपादित बौद्ध दर्शन नागार्जुन, आर्यदेव, असंग, वसुबंधु, चंद्रकीर्ति, दिगनाग, धर्मकीर्ति और कई बौद्ध सिद्ध जैसे भारतीय बौद्ध संतों के बौद्ध दर्शन, न्याय, मनोविज्ञान एवं कार्यों को संरक्षित करना और बढ़ावा देना है। Nyaya, बौद्ध दर्शन की शिक्षा छात्रों को जीवन के सही अर्थ और उद्देश्य को समझने में सक्षम बनाती है। इस दुनिया को न केवल मनुष्यों के लिए, बल्कि सभी संवेदनशील प्राणियों के लिए रहने के लिए एक बेहतर जगह बनाने में अन्य साथी प्राणियों की मदद करना है। न केवल स्वयं के जीवन को बेहतर बनाने पर बल देना है, बल्कि स्वयं में करुणा और शांति के सार को विकसित करने और इसे दुनिया में बढ़ावा देने पर भी है। इस विभाग के शैक्षिक उद्देश्यों और शैक्षणिक कार्यक्रमों का लक्ष्य बौद्ध सिद्धों के अलावा नागार्जुन, आर्यदेव, असंग, वसुबंधु, चंद्रकीर्ति, दिग्नाग, धर्मकीर्ति जैसे नालंदा के गुरुओं के दार्शनिक विचारों की अमूल्य विरासत को बनाए रखना है। उनके कार्यों का अध्ययन पारंपरिक विद्वत्तापूर्ण तरीके से किया जाता है। संस्थान में छात्रों को ग्रंथों में निहित आध्यात्मिकता के मूल को विकसित करने, मानव जीवन के अर्थ और उद्देश्य को समझने, दुनिया को सभी संवेदनशील प्राणियों के लिए रहने के लिए एक बेहतर जगह बनाने में अपने साथियों की मदद करने के लिए तैयार किया जाता है। इस संदेश का मूल उद्देश्य स्वयं में करुणा और शांति पैदा करने और दुनिया में भी इसे बढ़ावा देने में मदद करना है।